Theo PhoneArena, bản đồ khuôn mặt người dùng từ iPhone X được thực hiện bởi camera TrueDepth, được lưu trữ an toàn trên điện thoại và không được gửi đến bất kỳ máy chủ nào giống như cảm biến vân tay Touch ID. Tuy nhiên, vấn đề là các nhà phát triển bên thứ ba có thể truy cập vào dữ liệu khuôn mặt của bạn, những biểu hiện tâm trạng và các hành vi có khả năng khác để sử dụng cho mục đích tiếp thị hoặc điều gì đó tương tự.
Để khẳng định những lo ngại về an ninh, một nhà nghiên cứu đã tạo ra ứng dụng cho bạn biết chính xác số lượng các điểm trên khuôn mặt mà Apple đã tạo cho các nhà phát triển, và nó đủ để cho phép họ tạo ra một mô hình 3D cho toàn bộ khuôn mặt của người dùng, bao gồm cả mí mắt, miệng và nhiều điểm khác.
Phát ngôn viên Apple Tom Neumayr, cho biết trong một tuyên bố rằng công ty rất coi trọng sự riêng tư và bảo mật của người dùng. Quy định của công ty là bảo vệ dữ liệu Face ID thông qua điều khoản Secure Enclave trong iPhone X giống như nhiều biện pháp kỹ thuật bảo vệ khác mà công ty tích hợp vào iOS. Apple yêu cầu các nhà phát triển phải được sự chấp thuận từ người dùng mới được truy cập vào camera, và rằng các ứng dụng phải giải thích cách thức sử dụng.
Nhưng trong bản cập nhật quy định mới nhất, Apple đã thay đổi một số quy định dành cho nhà phát triển ứng dụng Face ID. Cụ thể, các ứng dụng trước khi truy cập dữ liệu Face ID phải đưa ra những đề xuất về chính sách bảo mật.